Na história o Mundo Digital é controlado por um computador chamado Yggdrasil. Os digimons haviam se multiplicado de tal forma, no passado, que seu computador hospedeiro não foi capaz de lidar com a carga.
Yggdrasil então criou um Novo Mundo Digital, consistido de 3 camadas para o passado, presente e futuro: Ulud, Versandi e Skuld, respectivamente. E em seguida lançou o Porjeto Ark e o X-Program para eliminar qualquer Digimon que o Yggdrasil não tenha desejado. Porém os digimons obteram um programa chamado X-Antibody que os deixou imune ao X-Program. Yggdrasil então enviou os Cavaleiros Reais, 13 digimons devotados a manter a ordem no Mundo Digital.
Porém 3 humanos acabaram achando um caminho para o Mundo Digital: Kouta, Yuuji e Shinji. Kouta e Yuji resistiram a Yggdrasil e os Cavaleiros Reais, mas Shiji aparentemente ficou do lado de Yggdrasil. As duas crianças acabam encontrando seus pareceiros digimons: DORUmon para Kouta e Ryuudamon para Yuji.
